接下来，武爱华与石原莞尔就两国军事谈判小组后续谈判交换了意见。
武爱华提出，第一，东北是中国的故有领土，这一点不容改变，但中国政府可暂时将东北问题搁置起来，等以后条件成熟时再谈；第二，日军华北驻军，最多可保持一个师团，但其局限于天津和青岛城内，其他地方的日军必须在三个月内撤走；第三，台湾问题留待战后双方谈判解决；第四，日本就此次中日战争中给中国人民带来的伤害，酌情赔偿5亿美元。
最后，石原莞尔逐条逐条地辩解，在最后一条，只答应给中国1亿美元的赔偿，并分五年付清。
武爱华同意了，因为，这钱对国防军来说，只能算是一笔小钱。而且，武爱华此举，也算是送给了石原莞尔一个大人情，有助于石原莞尔在日本国内推行新的亚洲政策。
军事谈判因为有了武爱华与石原莞尔的“共识”，进展非常顺利，但政治谈判却要麻烦得多。它涉及到两国关系正常化的方方面面的问题，如何正常化，如何保证这种正常化，日军撤退后的遗留问题，中日财产分割问题，两国侨民问题，与第三国的关系问题，包括台湾、满蒙的地位问题。
双方停停谈谈，最后在3月的最后一天即3月31日正式签署了《中日停战协定》以及《中日联合申明》两个文件。
用后世的眼光看，这两个文件都是“卖国”的文件！在武爱华看来，也应该这样定性。但是，这个“卖国”却是武爱华有意为之。
好在历史是由胜利者书写的，而武爱华则有百分百的信心，成为最后的胜利者。日本，怎么可能如此轻易地从中国脱身呢。
蒋介石虽然不太满意这次谈判结果，他以为凭借国防军的军事胜利，能够在谈判桌上获取更多。但武爱华明确告诉他，中国能够守住现在的成果，已经很不错了，要想将日本全部赶出国门，暂时还力有不逮。
听到武爱华如此态度，蒋介石也只有认了。武爱华不坚持，蒋介石拿什么坚持呢？
不过，蒋介石还是比较高兴的，因为日本人第一笔赔款2000万美元在协议签署的当天，就转到了中华民国财政部的账上。
而接下来，蒋介石也高兴了几个月，他急忙派出他的军队，去接受日军退出的地区，除了察哈尔、北平及其附近地区外，他的部队迅速控制了七七事变前的大量国土。
但是，此时的中国人，并没有像历史上抗战胜利那样，热烈欢迎国军的到来，蒋介石也未像历史上那样，成为中国事实上的抗战领袖！反而是更多的人，在战后加快了与闽粤两省的接触，而陈济棠在其中不断地兜售武爱华的思想，并表示，在新的政府成立之后，各省将获得中央的大量资金援助。
对于各省军阀的地位，陈济棠也作了明确地说明：此后，肯定要实行军政分家，要么继续带领部队，接受国防军的统一整编，至于是否会削弱实力，陈济棠要大家看看国防军现在的将领特别是原粤军的将领就知道了。
而国家也将会在土地、资源、交通、教育、卫生等方方面面出台新的政策。但不管什么政策，也不会损伤干绅阶层的现有利益。在有关民生方面，陈济棠提出了一个“共同富裕”的概念来打动这些地方实力派。
1938年6月6日，广西李宗仁、白崇禧、黄绍宏突然发出倡议：召开全国政治会议，改组中央政府！
连续几日，山西阎锡山、云南龙云、四川刘湘、邓锡侯、西北马家陆续发出附议声明，赞同召开全国政治会议。阎锡山在申明中说，中日停战协议的签定，中国将会迎来一段时间的和平发展时期，此时召开全国政治会议，改组中央政府，共商中国发展大计，正当其时！
这些倡议与声明，像一道炸雷，将蒋介石炸得外焦里嫩。
蒋介石内心里是准备“让闲”的，作为一个政治家，他如果连这点形势都看不准，那他就不是蒋介石了。但是，与历史上历次“下野”不同的是，此次如果蒋介石“下野”了，那么极有可能是真正下野！因为，历史上蒋介石能反反复复“下野”后又“上台”，主要握有两大利器，一是财政，蒋介石拥有江浙财团的支持；二是军队，由黄埔军校毕业生掌握的中国最精锐的军队，其规模和战力都高于中国地方军队，其他人，即便坐上那个位置，也坐不了多久。当然，就蒋介石个人来说，他的“政治手腕”也颇为高明，往往在不经意间，就通过政治手段化解了政敌的攻势。
但现在的情况明显不同。
要说财政，中国最富的人不是江浙财团，而是闽广财团，甚至是察哈尔，也成了中国最富庶的地方之一；而江浙财团支持蒋介石也不是没有条件的，商人的本性是逐利的，最近两年，一些江浙商人与闽粤商人合作，赚取了足够多的利润，这个事实证明，如果由闽粤主政，他们会赚更多的钱呢。江浙财团与蒋介石的关系，说到底是一种利益关系，在有更大的利益可期的前提下，原来那些利益关系是很脆弱的。
再说军队，现在的中央军虽然比历史同期要强得多，但各地军阀的军队也比历史同期要强，最重要的是，国防军有如高山仰止一般的存在，让任何势力都不敢小看。甚至可以说，国防军完全有实力以战争的形式一统中国。只不过，武爱华和国防军不愿意这样做罢了。
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