气昏了头的崇祯皇帝命宦官对吴昌时用刑。阁臣蒋德暻、魏藻德抗议道：“朝廷殿陛之间，向来没有用刑的先例。请将吴昌时发送法司审问。”
可崇祯皇帝却说：“这样的奸党，神通广大，若离开此地，谁还敢按法律对他勘问？”
两个阁臣仍然说：“在殿陛用刑，实为三百年来未有之事！”
可崇祯皇帝恨恨地说：“吴昌时这厮也是三百年来未有之人！”
于是阁臣无话可说，只能看着太监们在堂皇的丹陛上动刑。吴昌时被上了夹棍猛敲，不多时两条腿就都被夹断，人也昏死过去。朝廷中的文武大臣们从来没见过这样的场面，一个个面如死灰。
而崇祯皇帝发泄了一通，也觉得颇为无趣，这才收场。之后，他又命锦衣卫迅速派人到通州大营和吴甡的家乡，将周延儒和吴甡提解到京，听候发落。周延儒是在吴昌时案中受到牵连的，提解进京还勉强说得通，吴甡同此案毫无关系，也被提解，那理由就只有崇祯皇帝自己知道了。可是因为清军还在关内，全城戒严，提解的锦衣卫一时三刻内不能出京。
而吴昌时被人抬到诏狱中，后来又多次受刑，始终没有招供。为了泄愤，崇祯皇帝就下令把吴昌时连同范志完、赵光汴等人一起处决了。
这件事不仅证明了，小人中也有“坚贞不屈”的硬骨头，也让众勋贵心中戚戚，崇祯皇帝已经变得喜怒无常，所以在这敏感时期，还是谨言慎行为妙。
沉默了一会儿，就有位侯爷就问薛濂和吴惟忠道：“薛侯！吴侯！你们家长敬什么时候带兵来勤王？”
薛濂立刻闭紧了嘴，因为这个问题很难回答，怎样回答都不好。
而吴惟忠则沉吟了一下，接着犹犹豫豫地说道：“本侯那十四子现在汝宁，正与民匪和鞑子作战，应该无力顾及京城。而那西北李贼已成气候，依本侯之见，还是先让皇上赴南京巡视一番吧。”
而吴惟忠提出的就是迁都江南，这也是现在的崇祯皇帝最想要做出的一个决策。
在明朝建国的时候本来建都在南京，后来成祖靖难成功，却不愿离开自己的老根据地北平（就是北京），所以在政权稳定之后仍然回到北方，以北平为北京，但在很长时间里北京在名义上只是陪都，称为“行在”，正式的首都还是南京。
直到宣德年间，南北两京的地位才巅倒过来，北京成为了正式的京师，而南京反而成了陪都。但由于历史的原因，陪都南京一直保留着皇宫和一整套政府班子，有五府、六部、和各院、寺、科、司，甚至宦官的二十四衙门都一应俱全。各部门的长官和属员在名义上同北京各官是平级的，只是没有实权，管辖范围仅限于南直隶地区。
明朝在南京保持一套虚拟的政府班子，本来也有预防突然事变的意思。此时北方大部分地区频遭兵燹，已经残破得几乎无法收拾，而长江以南却还基本上保持着比较稳定的局面，因而迁都南京确实是暂时躲避危险，再从长计议的最佳策略。
这里面的道理，就连从来不过问政事的周皇后都很明白。据说一次见到崇祯皇帝为国事危急闷闷不乐，她就提起过：“我们在南京还有一个家。”
其实崇祯皇帝自己对于这个道理更清楚，而且早在崇祯十四五年间就已经与首辅周延儒秘密商议过南迁的问题。
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