和绳树密谈之后，大蛇丸很快按照计划同意了团藏的合作要求，并将关于信的缺陷以及克隆人与改造人兵团的计划告诉了对方。
而团藏在得知信受到绳树的庇护，而且就算不计后果地透支使用也无法批量制造太多移植器官之后，虽然有些遗憾，但是却对大蛇丸的克隆计划产生了浓厚的兴趣。
之后果然还是如同绳树预料中的一样，团藏仍然如同之前承诺的那样与大蛇丸完成了第一次交易，没有打任何折扣。因为他的主要目的本来就是拉拢大蛇丸，现在对方的克隆计划已经表现出了巨大潜在价值，值得进行投资。
在第一次交易结束之后，团藏便对大蛇丸进行了进一步的拉拢，对与团藏提供的各种好处，大蛇丸来者不拒，这样的反应让团藏认为两者的关系越来越近。
随着时间的流逝，团藏觉得时机已经成熟，于是决定实行过一步的拉拢计划。他主动找到三代火影并提出让大蛇丸加入根部，辅助他完成事务的要求。
三代并不知道大蛇丸和团藏私下的合作，所以认为对方之所以会提出这种要求很可能是因为团藏的年龄大了，和自己一样有些力不从心，想要找一个分担事务。
而且三代虽然比较看好大蛇丸的能力，但是在他心中绳树更适合继承火影之位，所以认为让大蛇丸加入根部，是一次缓和双方关系的机会，因此特意就此事召开了一次高层会议进行商讨。
会议上，大多数高层都对此提议表示同意，只有绳树故作不快，并以大蛇丸身兼科研部长一职不宜分心为由进行反对。
经过一场唇枪舌剑的争论之后，最终以大蛇丸开设科研部为名义加入根部任职。
以大蛇丸的地位，完全就是根部的二把手，而且还有科研部这个独立机构，权力之大可想而知。
这次会议之中大蛇丸的态度非常暧昧，似乎有意和团藏合作，而绳树对此表现出了强烈的不满，两人关系不复之前亲密。
而这也正是团藏的目的所在，这是他第一次在与绳树外交锋之中占据上风，所以非常得意，对大蛇丸这位合作者也更加满意起来。在绳树没有倒台之前，大蛇丸不可能对他造成阻碍，所以他团藏对大蛇丸非常放心。
而对绳树和大蛇丸两人非常了解的纲手和自来也两人都已经察觉到了一丝不对劲，不过他们都不动声色配合两人演戏，对大蛇丸的“背叛”行径表示谴责。
而三代以及顾问并没有看出其中的猫腻，他们对这种平衡的局势非常满意。绳树将年轻一代的高层与强者全部整合在一起，实力太过强大，已经老一辈的高层感到了威胁，所以现在这种斗而不破的“竞争”关系更让他们放心。
最近精力有些不济的三代火影已经在考虑转位的问题，但又担心绳树上位之后太过强势，将他们老一辈的高层扫除木叶的政坛。现在有了大蛇丸的制肘之后，同为三忍的自来也必定也会受到影响，这让终于可以放心地进行计划。
他准备在下次大战结束之后，将火影之位传给绳树，这样一来，既可以摆脱繁杂事务的压力，也可以奖赏绳树的功劳避免无功可赏的尴尬局面，可谓是一举两得。
而他在退位之后仍然可以加入顾问团和团藏等人一起稳定木叶的证据，火影之位对他来说已经可有可无了。
两位顾问也已经查觉到了三代的打算，对于这个决定他们当然是举双手赞成，因为这几年绳树一系表现得非常强势，木叶的一系列政务实际上都是在绳树的主导下完成的。
三代坐在火影之位上只会加大火影一系的声势，当他退位之后，自然会从顾问的角度考虑问题，这样一来他们两人的地位就更加稳定，所以没有理由进行反对。
木叶的高层都在打着各自的算盘，却不知道绳树对一切都洞若观火，他之所以和大蛇丸演这出戏就是为了打消三代的顾虑，为自己上位铺平道路，同时也是给团藏挖坑。
他可不是三代那样的老好人，一旦成为火影，一定会想办法彻底掌握木叶的一切权力，所有不听话的都会被毫不留情地铲除掉。
演戏当然要演全套，之后的日子里，绳树与大蛇丸的关系越来越疏远，而且矛盾也越来越大。而绳树一系的其他成员也因此分成两派，暗部与白牙的军部对大蛇为越来越不满，经常会在公开场合进行指责，直言大蛇丸忘恩负义浑然不顾当被绳树推荐他担任部长的恩情，居然投靠团藏这个搅屎棍。而自来也的教育部则为大蛇丸说好话，希望缓和双方的关系，而纲手的医疗却则保持中立两不相帮。
这种情况下，大蛇丸与绳树一系的关系渐行渐远，到最后彻底倒向根部。
团藏对绳树一系的内部矛盾是乐见其成，因此对大蛇丸更加满意起来，所以展开了更进一步的合作，大蛇丸在根部帮助下，建立了隐秘的地下实验室，专门进行人体实验与克隆研究。
团藏亲眼观摩了大蛇丸的实验过程，并且成功获得了部分蛇类细胞改造技术之后，自以为抓住了大蛇丸的把柄，可以完全掌控他，所以开始全力咫尺大蛇丸的研究计划，为此甚至暂停了根部的人员扩招。
在团藏看来，一旦克隆人与改造人计划完成，他便可以获得大量的优质兵团，比起连续失败了两次的根部精锐来说，明显更加划算。
而大蛇丸也没有和团藏客气，直接提出自己希望进行血继研究。而团藏本来就对血继的力量很感兴趣，所以直接下令根部满世界捕捉血继忍者。如果不是因为顾忌暗部，他甚至会对木叶的血继家族下手。
有了团藏的支持之后，大蛇丸在生物学上的造诣进步非快，各方面的研究都发展迅速。
当团藏得知大蛇丸从绳树那里获得了材料（白绝细胞），正在进行木遁细胞移植的研究之后，对于大蛇丸咫尺更加不留余力，浑然不知自己已经落入算计，一切都在为他人做嫁衣。
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