登州、莱州和青州发生巨大变化的同时，辽东也开始出现变化了，经过了几个月的准备，陈新甲觉得，自己已经准备的很是充足了，可以慢慢开始动手了，所以说，他再次写出了密折，肯定皇上下旨，首先对辽东的官员进行适当的调整。
秋收季节，辽东也获得了丰收，十余年的时间，这是辽东第一次收获这么多的粮食，上下都是很高兴的，不过按照苏天成确定的政策，这些粮食，大部分都是属于老百姓自己所有的，上缴的部分不多，这令陈新甲有些不满意，他很清楚，军队离开了粮草，就难以维持，就算是军饷暂时不足，只要有粮食，一样可以暂时维持的，辽东的江宁营、榆林营和边军，已经不是传统意义上的明军了，悉数都是专业的军人，没有了军屯户，军队自身没有粮食来源，必须依靠军饷和赋税来养活，以前这些事情，都是督师府办理的，也就是徐尔一直接操心的，包括边军和榆林营的开销，朝廷拨付的军饷，基本还是充足的。
陈新甲上任之初，向皇上争取到了一个政策，那就是维持边军的军饷，尽管说边军裁撤了十七万的军士，但军饷还是维系以前的水平，朱由检考虑到，陈新甲上任之后，肩负特殊的任务，所以也就答应了陈新甲的要求，要求户部不要削减辽东的军饷。
秋收过后，动手的机会成熟了，陈新甲想到的是从两个方面首先着手，一是军队的粮饷，必须是巡抚衙门来掌握，一旦掌握了军队的粮饷，等同于控制了军队，二是从调整官吏着手，调整之后，督师府虽然还存在，但形同虚设，辽东的大事情，都是巡抚衙门决定。
这是两个大的调整，关乎到辽东的全局，陈新甲还是有些谨慎的，经过几个月才决定动手，这样把握性就大了很大了。
陈新甲来到辽东之后，最大的收获，就是和秦三德搞好了关系，要知道在辽东，能够和皇上接触最多的，就是江宁营监军秦三德了，秦三德是代表皇上管辖江宁营、甚至是监视辽东的整个情况的，通过秦三德，皇上能够准确的掌握辽东的情况，同时秦三德是大太监王承恩身边的红人，与秦三德搞好了关系，就等同于和王承恩搞好了关系。
陈新甲很清楚，自己在辽东没有根基，唯一能够依靠的就是皇上，如此的情况下，与所有皇上身边的人搞好关系，就是重中之重了。
和秦三德接触的时间长了，陈新甲慢慢掌握了一些核心情况，辽东军队的组成是比较复杂的，有江宁营将士、边军和榆林营将士，其中江宁营的战斗力是最为厉害的，在辽东的地位也是最高的，榆林营和边军的地位差不多，榆林营的战斗力，暂时没有体现出来，加之人数不是很多，影响暂时不是很大。
陈新甲想要掌握辽东的军队，必须要采取一步一步来的措施，首先掌控边军，接着是榆林营，最后才是江宁营，所以说，巡抚衙门首先要控制边军和榆林营的军饷和粮草，江宁营的开销，还是由洪承畴和徐尔一负责，暂时不要去动。
这些都是陈新甲和秦三德多次的商谈之后，做出来的决定。
几个月的时间里面，看似无所事事的陈新甲，其实是做了不少事情的，最主要的就是了解黑山驻扎的后金鞑子的情况。
黑山城池曾经被苏天成毁掉了，不过后来驻扎在这里的后金鞑子，再次建起了城池，多次分析地图之后，陈新甲认为，黑山的位置非常关键，若是明军能够拿下黑山，后金依仗的城池就是宁远了，后金因为丢失了大凌河城，加强了对宁远的防守，往来的商贾带来的消息，宁远城池的加固基本完成了，其坚固的程度，不亚于锦州了。
拿下黑山，就为进攻宁远打下了坚实的基础，一旦明军拿下了宁远，就将与后金对阵于辽河了，可以说，明军拿下了宁远，将从根本上动摇后金的政权。
根据这些情况分析，陈新甲认为，第一步是拿下黑山，若是局势好，趁势拿下宁远，局势不好，可以休整一段时间，对宁远形成逼迫的态势，迫使后金做出来重大的调整，将后金鞑子集中到宁远一带，这样明军就能够和后金鞑子展开真正的决战了。
围绕着这个目的，陈新甲多次要求洪承畴派出斥候，侦查黑山一带的情况，有可能的情况下，了解宁远城的防御状况，对于陈新甲的这些要求，洪承畴没有引起警觉，陈新甲如今是辽东的主帅了，知己知彼百战百胜，不管怎么说，了解掌握后金在黑山和宁远的部署情况，都是有必要的。
几个月时间过去，皇太极对黑山、宁远的部署也做出来了一些调整，多尔衮驻扎在宁远城内，汉八旗的马关远部、石廷柱部、刘之源部和李国翰部，驻扎在黑山，黑山和宁远的防御，悉数有多尔衮负责指挥协调，多尔衮可以根据黑山和宁远的情况，做出来决定。
这样一来，驻扎在黑山和宁远的满八旗和汉八旗，兵力达到了四万人以上了，而且这些军队的战斗力是非同一般的。
不过皇太极和多尔衮的部署，还是显露出来了一定的歧视，也就是说，汉八旗驻扎在最危险的黑山，多尔衮驻扎在相对安全的宁远，一旦发生战事，首先遭遇到炮火的，依旧是以前的汉军，满八旗有着调整和部署的时间。
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