现在在闯王府住着的只有李鸿基一家，还有邢秀娘的父亲，田玉珠的母亲，加上下人也打发走了不少，整个闯王府倒显得有点空寂。李鸿基只好调了数百名亲兵进来，闯王府才恢复了人气。
李鸿基回来后的第二天，周凤梧就带了一人上门，此人长得高大俊朗，一身书卷气息，一让人见了就有好感。
李鸿基一愣：“军师，这是何人。”
周凤梧道：“此人是前些时前来投奔我军的大才。是顾君恩先生，见识非凡，多有良策。”
李鸿基大喜，顾君恩他知道，此人是李自成最先的谋士，为义军出谋划策，出力很大，让李自成先定三边，再下京城就是出于此人之手，连忙握住顾君恩的手道：“先生大才，鸿基能有先生投效，真是如虎添翼。”
顾君恩没想到李鸿基如此热情，连忙抽出自己的手，疑惑地道：“莫非闯王听过顾某薄名。”
李鸿基连忙道：“我是信得过军师，既然军师推荐，必有大才，如今我军草创，正需要成立一个参谋部，不如先生进入参谋部如何。”
顾君恩一愣：“参谋部，不知有何职能。”
李鸿基解释道：“所谓参谋，当然就是参与军机，提供策略，还可分担我的各项事务。”
顾君恩大喜，这等于是掌管了内阁之权，没想到刚一见面，这个闯王就能给于自已如此信任，连忙拜倒：“多谢闯王厚爱，属下一定鞠躬尽粹，报答闯王。”
李鸿基连忙扶起：“不必多礼。”马上叫亲兵为顾君恩安排住处。
李鸿基顾不得休息，把宋献策，冯师礼，许鼎臣他们都给叫来，商议闯军的官职安排，此时闯军已是一方诸候，但目前军职最高的高立功和马维兴两人还是都司，而且各地的地方长官都暂时代以军管，基本上是谁的部队打到哪了，谁就接管了那里的政权，也就自然成了当地的地方最高行政长官，这样长期下去肯定不行，借着给各人升官的机会，李鸿基也趁势把各地的地方政权接管过来，好在商洛也有数百名经过几年培养的文官可以使用，加上明朝投降的官员小史勉强够用。
此次升官，李鸿基大为慷慨，基本上每人都连升三级，高立功，马维兴两人由原先的都司一下子升为总兵，原先的游击将军李万庆，高一功，高杰三人升为副将，拓养坤，赵胜，李双喜，黑虎星，贺珍，贺景，老张飞，混天猴，和他身边的亲卫队长李过升任为参将，刘芳亮和刘宗敏两人凭军功也获得了守备的升迁，而李鸿基的那一批闯王门生中李劬又提了一级，升为游击将军，而其它人也都升为守备，千总等。
而明朝的降员中，武官以白广恩，和俞忠霄两人最高升为副将，王良智，牛勇，朱孔，王水奎，毛文炳，商刚中，牛成虎，崔尔达，也一一升为参将，同时在闯王府设立参谋部，参谋长为周风梧，参谋次长除了宋献策和顾君恩外，还有明降官冯师礼和许鼎臣，相当于明朝的辅臣。张国绅，黄龙等人分任陕西和山西巡抚，不过他们的副手都有是商洛出来的闯军嫡系。
李鸿基还大发郧章，闯军规定，郧章分为四种，依次为金，银，铜，铁，每种又分三级，依次为一级金质郧章，二级金质郧章，三级质制章，再就是一级银质郧章……
此次除死去的刘检获得金质郧章外，有数百人获得银质郧章，其中李劬独守孤城获得了一级银质郧章，其它大多获得铜，铁质郧章，其中三等铁质郧章作为记念性质的，只要这次参战的官兵都可获得一枚，李鸿基特于关照李守忠，袁宗弟两人日夜赶制，才在一个月内做出这数十万枚郧章。
这些郧章做得特别精美，无论是哪一种都是闪闪发光，一发下去就大受官兵欢迎，每个人都把自己的郧章高高别在自己的前胸上，士兵不带郧章都不好意思出门。
李鸿基又重新整编了部队，三十万大军，共有十万正规军划分为十个野战军团，每个军一万人，总兵和副将每人可领一个军团，参军可领五千人，战时会合在一起，由军职高的人节制，如果军职相同，由闯王参谋部临时指定，顾名思义，野战军团是转战各地，攻城拨寨所用，因此最为精锐。平时驻守在最为重要的城市，目前祁县前线驻扎有二个军团，西安驻扎有二个军团，其余六个军团分驻在各地重要府邸。
其余二十万为守备部队，驻守在闯军目前控制的府县。闯军目前控制了二十多个府，一百多个县，二十万部队看起来很多，但一分下去，有的县兵力只有数百人，而有些壕强家中私兵就有数百，虽然训练和兵器都不如闯军，但如果数家会合起来，也不是不可与闯军一战，所幸闯军一连串的胜利压住了那些蠢蠢欲动的壕强，加上闯军没有强制收缴他们的土地，才勉强接受了闯军的统治。
经过此次整编，闯军才真正变得正规起来，而且借着给个人升官的机会，李鸿基也将原先下放的权力大势回收到了参谋总部，军官的升迁，部队的调动，粮草的划拨无一不需要经过参谋部，加上中层军官基本上由商洛军校出去的学生控制，闯军内部的隐患已一一消除。
李鸿基的这些部下暂时还没有染上官军的许多毛病，要知道数年前这些人大多还是农民，绿林中人，短短数年的发展，如今都拥有了原先做梦都没有了的权势，许多人都已心满意足，虽然朝庭没有承认自己，但如今整个家乡都在闯军的统治下，这些人在家乡都是威各显赫，这些都是拜李鸿基所踢，所以李鸿基的收权毫不费力。
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