六月，天气转热，京师一切照旧。但是二十日这一天，一封来自辽东的请罪奏书在皇城里激起了不小的波澜，奏书是出自袁崇焕之手。
毛文龙死了。
事情经过，简略交代：
二年五月二十五日，袁督师一行从宁远海上扬帆起航，二十八日，抵达旅顺口外四十里的双岛。
二十九日，袁督师慰问岛上官兵，赏赐酒食。当晚，毛文龙从皮岛乘船来到双岛，因夜已晚，没有相见。
六月初一日，东江总兵毛文龙拜谒袁督师，进礼单，设茶饭。袁崇焕拒收礼单，但同意与毛文龙共进茶饭。袁崇焕说：“辽东海外，止我两人之事，必同心共济，方可成功。历险至此，欲商进取大计。”表达了团结毛文龙，希望同心协力、共谋进取大计的愿望。
毛文龙说：“某海外八年，屡立微功。因被谗言，粮饷缺乏，少器械马匹，不能遂心。若钱粮充足，相助成功，亦非难事。”对钱粮器械提出了要求。
袁崇焕告辞时，对毛文龙说：船上不便举行宴会，需借毛帅帐房，在岛岸宴饮。毛文龙应允。
袁崇焕和毛文龙在岛岸上宴饮，边饮边聊。酒席间，袁督师说：“皇上神圣，与尧、舜、汤、武合为一君。臣子当勉旃疆场。”称赞当今万岁崇祯皇帝圣明，因此，作为臣子应当尽力国事。
毛文龙怏怏不乐，只说熹宗恩遇之隆，言外之意是并不认同袁崇焕对崇祯皇帝的评价。袁崇焕十分惊讶，但是压下心头的不快，又进一步询问复辽方略。毛文龙答道：“关、宁兵马俱无用，止用东江二三千人，藏云隐雾，一把火遂灭了东夷！”直截了当地告诉袁崇焕，你手下的千军万马都没有用处，有我这两三千人就够了。实际上根本没有把袁崇焕放在眼里。袁崇焕当然很不高兴，但还是把这口气忍下去了，继续同毛文龙推心置腹地慢慢交谈，一直谈到二更天才结束。
初二日，毛文龙请袁崇焕登岛。袁崇焕上岛后，接受东江官将行礼毕，赏部分兵丁每人银一两、米一石、布一匹。毛文龙侍从佩刀环绕，袁督师命他们退下。袁崇焕和毛文龙又秘密交谈，三更方散。内容无非还是东江要受朝廷节制，共同为实现五年复辽目标努力之事。
初三日，毛文龙请袁督师登岛赴宴。看来，袁督师前面的努力并未奏效。袁崇焕这次对毛文龙说的话已经比较直接了：“久劳边塞，杭州西湖，尽有乐地。”毛帅你这些年在边塞很辛苦了，我劝你回你们老家杭州，那儿风景很好，你养老去吧。话里有话，绵里藏针。言外之意就是，你毛文龙要不就接受朝廷节制，要不就辞职回你的老家杭州吧。毛文龙道：“久有此心，但灭了东奴，朝鲜文弱，可袭而有之！”毛文龙显然不愿交出兵权，并不买袁督师的账。这天夜里，袁崇焕传副将汪翥密语，直至二更。
初四日，袁督师颁赏东江官兵3570员，官每员3两至5两、兵每名一钱，又将饷银10万两交卸给东江。袁崇焕传令徐旗鼓、王副将、谢参将叙话。并出行文：旅顺以东行毛总兵印信，以西行袁督师印信。又定营制等。袁崇焕又作了一次让步，他希望达成一个折中协议：旅顺以东归东江总兵毛文龙节制，以西归袁督师节制。但毛文龙依旧不肯遵依。
初五日，袁督师崇焕传令：登岸摆围，较射颁赏。毛文龙来到袁督师帐房，问道：“老大人何日起行？”袁崇焕告诉他第二天就返回，今天要在岛上观兵较射。也就是比赛射箭，优者给赏。毛文龙同意了。谢参将传号令，命各营兵四面摆围。毛文龙及其随行官百余员，都被绕在围内，随行兵丁被截在营外。
袁崇焕问东江各官姓名，都说“姓毛”。毛文龙说：“俱是敝户小孙。”袁崇焕说：“岂有俱姓毛之理？你们海外劳苦，每名领米一斛，且家口分食，你们受本部院一拜！为国家出力，自后不愁无饷！”各官感泣叩首。
袁崇焕问文龙曰：“本部院节制四镇，请严海禁，恐天津、登、莱，受腹心之患，今请设东江饷部，钱粮由宁远达东江，亦无不便。昨与贵镇相商，必欲取道登、莱，又议移镇、定营制，分旅顺东西节制，并设道厅，稽兵马钱粮，俱不见允。岂国家费许多钱粮，终置无用？本部院披沥肝胆，与你谈了三日，望你回头是岸，那晓得你狼子野心，一片欺诓，目中无本部院犹可，方今圣天子英武天纵，国法岂能相容！”袁崇焕要立斩东江总兵毛文龙。
袁督师西向叩头请皇命，拿下文龙，剥去冠裳。毛文龙尚倔强，不肯就缚。袁督师又云：“你道本部院是个书生？本部院乃是朝廷一员大将，你这毛文龙有应斩十二罪。”袁督师宣布毛文龙的十二条罪状是：
第一，兵戎重任，祖制非五府官不领兵，即专征于外，必请文臣为监。文龙夜郎自雄，专制一方。九年以来，兵马钱粮，不受经、抚管核，专恣孰甚！一当斩！
第二，文龙自开镇来，一切奏报，有一事一语核实否？捕零夷，杀降夷，杀难民，全无征战，却报首功。刘兴祚忠顺奔来，止二十余人，而曰率数百众，当阵捉降，欺诳孰甚！二当斩！
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