秦长封有何不妙呢？这得从朝中说起。
话说兵部调何洛进驻遵化，让他从指挥使级别的将领降到副指挥使，其中原因文书上并未明说。只是负责下达调令的兵部侍郎李林是何洛的同乡，与何洛素有来往，知道何洛是个政治头脑简单的莽汉，怕他胡闹，这才和他讲通了秦长封不久会离职的信息。
不幸的是洪承畴被贬到陕西之后，魏忠贤心腹崔呈秀接掌兵部尚书，拉拢人马时，兵部侍郎李林情知魏忠贤党必败，不愿意合作，得罪了崔呈秀，便被崔呈秀寻了事端下狱了。
何洛做了副指挥使，但秦长封并未像兵部官员说的自动离职，由于何洛官位莫名被降了一级，还要在地方上被人压了一头，心中满腹牢骚，现在李林犯事下狱，他找不着人干脆多次写信质问兵部。
魏阉一党表示效忠的方式一般都是极尽献媚拼命讨好上峰，这何洛竟敢质问兵部，挑衅上峰权威，那崔呈秀就断定何洛必然被文官集团收买了对付他们的，心中便对那何洛起了杀心。
文官集团见何洛都进驻遵化许多时日了，秦长封竟还不知趣上书请辞，本来没有弹劾他就是因为皇帝说给他留一条生路，如今他不知趣还等什么？一时弹劾秦长封的奏折如雪片一般飞上朱由检的御案，朱由检也对秦长封的做派十分不满意，完全辜负了自己的一片苦心。
早有朝中与秦长封交好的小官嗅到异常，告知秦长封朝中大臣欲对他不利，并好心提醒现在遵化的何洛得罪了崔呈秀，可以借帮助崔呈秀对付何洛之事向崔呈秀示好，让兵部保他。秦长封不再朝廷，没有觉察到魏党和皇帝之间的矛盾已经凸显，反而觉得那小官的提醒很有道理，便主动结交崔呈秀，信中极尽献媚之词，将那崔呈秀捧得比天仙下凡还伟大，简直是前无古人后无来者草木为之含悲风云因而垂泪
话说熹宗一死，客氏留在宫中显然无任何理由，她不得不提请皇上批准出宫。崇祯顺水推舟，立即批准：“奉圣夫人客氏出外宅”。
客氏出宫虽然名正言顺，但对魏忠贤及其党羽无疑是一大震撼。
由于巴结客、魏而成为司礼监掌印太监的王体乾预感到事态的严重，立即于次日向皇上提出辞去司礼监掌印太监的要求，崇祯不允。
这个王体乾为人柔戾阴险，从尚膳监太监升为司礼监秉笔太监。王安辞去司礼监掌印太监后，他急谋于客、魏，获取了这一太监的最高职位。此后一意附和客、魏，为之尽力。按宫中制度，司礼监掌印太监在司礼监秉笔太监之上，但王为了讨好魏，破例把自己置于魏之下。因此魏对他一无所忌。目不识丁的魏忠贤按惯例不得为司礼监太监，因为客氏的作用，被熹宗任命为司礼监秉笔太监兼掌东厂。既然不识字，就无法代皇上“秉笔”，一切全由王体乾代劳，作他的“谋主”，凡遇票红文书及改票，都出于王体乾之手。崇祯深知奥妙，暂不触动王体乾，也就稳住了魏忠贤。
然而，对政治十分敏感的大臣们，还是嗅出了其中的微妙变化。
九月十四，右副都御史杨所修再次上书弹劾魏忠贤的亲信兵部尚书崔呈秀、工部尚书李养德、太仆寺少卿陈颍等人。又是一些无关痛痒的事。遭到弹劾的崔呈秀等毕竟心虚，陆续上书请求回家辞官守制，皇上下旨慰留，不允所请。被斥为漫无主持的周应秋也上书请求罢免，皇上也下旨慰留。
这些举措，令老奸巨滑的魏忠贤如堕云中，不知道皇上究竟意欲何为，真所为丈二和尚摸不着头脑。为了试探虚实，他在九月二十五向皇上乞求停止为他建造生祠的活动。为了此事，不识字的魏忠贤特定命亲信代他写了一本奏疏呈给皇上，崇祯看了奏疏，提笔批复道：“以后各处生祠，其欲举未行者，概行停止。”从这些话中揣摩，皇上对魏衷贤的建生祠似乎采取既往不咎的态度。其实不然，这不过是权宜之计，帐还是要算的，只是时候未到。
阉党分子当然不会甘心束手就擒，这场权力斗争涉及到每个人的身家性命，他们必须要在这场政治赌博中继续押下赌注。最引人注目的事件便是吏科给事中陈尔翼以攻为守倒打一耙。他在给皇上的奏疏中，抓住前几天南京通政司杨所修弹劾崔呈秀、周应秋之事，大做文章，斥之为“播弄多端，葛藤不断”，归结为“东林余孽遍布长安，欲因事生风”。他请求皇上下令东厂、锦衣卫等严加缉访，企图再度造成恐怖气氛以限制舆论。
这种明目张胆的反扑意在把水搅浑，以党派门户之争的表象来掩饰阉党擅权乱政的真相。对于这一棘手的政治敏感话题，采取简单反对的方式是无济于事的，崇祯的表态恰到好处，他以表面上不偏不倚的其实柔中有刚的态度，果断地制止了这一企图。他批示道：“群臣流品，经先帝分别澄汰已清，朕初登御极，嘉与士大夫臻平康之理，不许揣摩风影，致生枝蔓”。
崇祯在驳斥了陈尔翼缉拿“东林余孽”的主张的同时，嘉奖魏忠贤、王体乾赞襄登极典礼之功，给他们的亲属荫锦衣卫指挥佥事；几天后又以表彰东江之功，给他们的亲属荫锦衣卫指挥同知。
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