鉴于五月份左右又要到美国去，孙元起在编写完文科学报之后，立即着手编写理科学报。
如果说孙元起在第一期文科的《私立经世大学学报》编纂中，只是起到帮闲跑龙套作用的话，那么在第二期理工类的学报出版过程里，绝对是一等一的主力。从策划、选题、约稿，到审稿、修改、定稿，再到编目、清样、排版，无不事必躬亲。
就说策划选题，除了邀请爱因斯坦为学报撰稿外，还鼓动学校各系学生就学习生活中所遇到的问题写成论文，比如物理系学生集体撰写的《略论水流速度与热力衰减之关系》，就是成蹊馆暖气架设过程中遇到的实际问题。保持各房间温度在一个稳定舒适的范围，热水的速度必须合适，否则浪费资源，还冷热不均，达不到理想的效果。同学们通过模拟实验和实际使用的情况，给出了水流速度与热力衰减之间的关系曲线，与实际测量拟合得很好。这就为以后整个校园暖气管道的铺设，奠定一个良好的理论基础。
再比如化学系的《关于自来水有害物质分析方法之刍议》、电子系的《水力发电之直流交流利弊论》，都是出于同样的目的。
相对于物理、化学、电子等三个系的集团作战，数学系就是八仙过海、各显神通了。张纯《中国古算之西式表述》、周达《关于几道微积分题目之新解法》、胡敦复《平直积分微分方程论》，都是根据自己兴趣写的，各有所长。
如果说学生们的论文还显得有些稚嫩的话，那么IPRT的两篇文章，足以奠定《私立经世大学学报》在中国、乃至东亚的领先地位：一篇是爱因斯坦、米列娃共同署名的《对相对论局限性之思考》，文中深入探究引力的本质，并注意到惯性质量与引力质量之间的关系，从某种角度说，已经推开广义相对论的一扇窗户。还有一篇，就是孙元起蓄谋已久的文章：《一种回旋粒子加速器的构想》。
说到粒子加速器，普通人还有些陌生，但在实际生活中，它却是非常普及的。比如大屁股的电视机和电脑显示屏（即CRT显示器）、X光设施，都是小型的粒子加速器。
粒子加速器在二十世纪以来的科学研究中，更是不可或缺：它发现了绝大部分新的超铀元素，合成了上千种新的人工放射性核素，并凭借它，系统深入地研究了原子核的基本结构及其变化规律，促使原子核物理学迅速发展成熟；高能粒子加速器的发展，又使人们发现包括重子、介子、轻子和各种共振态粒子在内的数百种粒子，建立了粒子物理学。在工学、农学、医学各领域中，加速器被用于同位素生产、肿瘤诊断与治疗、射线消毒、无损探伤、高分子辐照聚合、材料辐照改性、离子注入、离子束微量分析以及空间辐射模拟、核爆炸模拟等方面。尤其是近20多年来，加速器的应用已远远超出原子核物理和粒子物理领域，在诸如材料科学、表面物理、分子生物学、光化学等其它科技领域也得到广泛而重要的应用。
事实上，孙元起在1900年公布所谓的“炼金术”，即用天然放射性元素放射出来的α射线轰击氮原子首次实现元素的人工转变以来，物理学家就认识到，要想进一步认识原子核结构及变化规律，必须用高速粒子来轰击原子核。然而天然放射性提供的粒子能量有限，只有几兆电子伏特；天然的宇宙射线中粒子的能量虽然很高，但是粒子流极为微弱，比如能量为10的14次方电子伏特的粒子，平均每小时在一平米的面积上只降临一个，而且无法支配宇宙射线中粒子的种类、数量和能量，很难用于开展研究工作。因此为了实现有预期目标的实验研究，研制和建造粒子加速器就变得非常重要。
科学家最初的设想，是利用直线加速器加速带电粒子，粒子沿着一条近于直线的轨道运动，并被逐级加速的。可是，当需要很高的能量时，加速器的直线距离会很长。用什么办法来大幅度地减小加速器的尺寸呢？在1930年，耶鲁大学的毕业生欧内斯特·劳伦斯在直线加速器谐振加速工作原理的启发下，提出了研制回旋加速器的建议。就是在回旋加速器里增加两个半圆形磁场，使带电粒子不再沿着直线运动，而沿着近似于平面螺旋线的轨道运动，这种改造使得加速器的电场不至于太长而导致电场能损失，也可以逐级谐振加速到很高的能量，而且加速器的尺寸也大大地缩减。凭借此项发明，劳伦斯获得了第39届诺贝尔物理学奖。
孙元起在《一种回旋粒子加速器的构想》文中，就是提出这个极富设想的设计发明。
除此之外，孙元起还承担了一项艰巨的任务，就是给这本理科学报写篇卷首语。在某种意义上讲，孙元起把这篇文字看得比学报中的任何一篇论文都重要。因为它既是学报未来一段时间的办刊宗旨，也是读者对于学报的最直接印象。是宣传鼓动，大喊“科学技术是第一生产力”的口号？还是介绍眼下世界上最新的科学进展，让读者与科学界同呼吸共命运？
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