紧接着科学院开始进行结构调整，这次调整只是局部的调整，所有与灵魂相关的研究，都被合并成一个巨大的灵魂研究部，这个部直接向吴辉负责，具体研究进程由吴辉做最高指导。
这个部被单独的划出来，成为一个独立性比较强的结构，并且这个研究部内的所有人员，他们将会单独在一个相对独立的地域进行科研，安保和保密层级非常高，非经过批准，所有来自这个研究部的信息都不得随便外传。
这个措施的采用，可以保证吴辉所有威胁的最小化，又可以保证阿米巴功能的充分挖掘。并且阿米巴的功能这么特殊，完全可以当作人类的底牌来用，必要时没准会起到意料之外的效果。为了保证这张底牌打出去时的突然性和隐秘性，这个信息只在科学院内部小范围传播，除了相关研究人员，基本很难获知灵魂研究部的真相。
有了科学院的加入，吴辉关于阿米巴灵魂灵魂应用的研究开始突飞猛进。原先所有相关研究事宜都必须他一个人考虑，现在有一个成熟的科研团队在运作，阿米巴灵魂的周边应用研究和理论研究骤然丰富起来，呈现出爆发性繁荣。
关于灵魂模拟的用途，灵魂研究部认为，其最大的功用也许不在于模拟，而在于制造！
这个制造，灵魂研究部的定义是——灵魂的制造！
以目前人类的科技水平，以目前人类对世界的认知，是否有灵魂，最大的不同在于创造性，这一点也许对也许不对，也许随着人类科技的继续升级，随着人类灵魂科技的全面解析，这个定义可能会再次更换。但是目前看来，这是人类所能够想到的，最本质的区别。
既然灵魂的主要作用在此，那么阿米巴灵魂模拟的用途，其中最关键的作用应该在于，制造人造灵魂，制造某种具备自我科研能力，完全由阿米巴构成的，全智能文明。
换句话说，现在的吴辉，只要他想，他完全可以制造出一个全新的种族，这个种族可以不断的自我发展下去，就像宇宙中所有种族一样。现在吴辉如果单独出走，那么没准几千年后，他就会带回来一个比人类更高级的文明。
现在看来，人类缺了吴辉注定要损失不小，比如幻想乡必将不复存在，但是吴辉如果失去人类，很可能不会有什么实质性损失。从某种意义上来说，现在的人类相对于吴辉，似乎已经变成了某种累赘……
灵魂研究部的科学家将一切可能性都分析得通透，并且将之彻底给吴辉讲解明白，吴辉听了甚至都感觉一恍惚，不经意之间，阿米巴居然已经发展到如此程度了。
既然……
吴辉与灵魂研究部关起门来反复讨论了无数次，并且最后叫上了人类的主要高层，大家关门会议又开了很多天。
当会议的大门终于打开的时候，所有人都有一种心力交瘁的感觉，不过现在明显不是他们休息的时候，因为他们必须马上开始布置新的一轮庞大任务。
在绝大多数人类都不知情的情况下，一个意蕴深远，隐秘非常的计划悄然的付诸实施。即使在人类的管理层，那些位高权重的人，也最多通过各种侧面消息隐约察觉到有这么一个计划存在，但是对于它的具体内容，对于计划的详情几乎完全一无所知。
不知从何时开始，在人类内部，消息灵通的圈子里，开始流传一个关于人类最终计划的传说，因为始终无法确知计划内容，并且计划确实密集相当高，所以这个计划被这些消息人事命名为——零号计划！
零号计划就好像山间的晨雾一样，始终虚无缥缈不可捉摸，知道的人缄口不言，不知道的人凭借一知半解胡乱猜测。但是所有人几乎都有一个共识，这应该是人类有史以来，最重要的一个计划。
对于计划的目的是什么，步骤是什么，如何实现，具体由谁来管理操控，投入多少等等等等，所有这些全部是未知的。
所有关于零号计划的传闻里，各式各样的都有，但是有一条是经过确认的，这是由那些有权获知零号计划真相的人，亲自点头确认的，在他们仅有的一个关于零号计划上的表态是——零号计划是人类最终一道保险！
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